支付中心导入支付申请时发生系统退单，原因在于集中支付系统的资金余额小于网上用款申请的余额。存在以下两种情况：

一种情况是支付中心已经录入委托业务数据（如水电费、电话费等）但还未办理支付，此时集中支付系统的余额就会比网上用款申请的余额小，如果单位按网上用款申请的余额转款，虽然可以正常录入，但支付中心导入时就会发生系统退单。

另一种情况是支付中心退单，但是申请书（授权凭证）没有及时删除，网上用款申请的余额虽然恢复了，但是集中支付系统的资金余额没有恢复，因此集中支付系统的余额就会小于网上用款申请的余额。